La boca es la puerta de entrada a los alimentos y líquidos. Allí los alimentos son masticados y se mezclan con la saliva (para favorecer su digestión luego en el estómago). Es importante señalar la función de la vista, el olfato, el gusto y el cerebro, que ayudan a preparar mediante señales de olores, colores y sabores al aparato digestivo para recibir alimento.

Al deglutir la comida, ésta es transportada por el esófago hacia el estómago.

El esófago es un tubo muscular con dos esfínteres o válvulas en cada uno de sus extremos. El superior se encarga de evitar el paso de la comida hacia la vía respiratoria durante la deglución, el reflujo o el vómito, el inferior es una válvula ubicada en la unión del esófago y el estómago, se relaja al pasar el alimento del primero al último, y una vez que comienza el proceso de digestión en el estómago, se cierra para evitar el regreso de alimento y ácido hacia el esófago. Se relaja también para permitir los eructos y el vómito.

El estómago es una cámara donde los alimentos se mezclan con ácido para su digestión. Esta cámara esta especialmente recubierta por dentro para resistir la acción del ácido. Además de digerir el alimento, el estómago cumple la función de regular la velocidad con que pasan al duodeno e intestino delgado, donde se dará el proceso de absorción. 

Hay factores pueden ser agresivos exógenos (como los AINES, el tabaco, el alcohol, el estrés o bacterias como el Helicobacter) o endógenos (ácido, pepsina, y los ácidos biliares). Pero también hay factores defensivos del organismo que pueden afectar la mucosa y la capacidad de regeneración celular. La pepsina, es parte importante de este proceso y se activa cuando el PH en el estómago es igual o mayor que 7.